Ruoka-ainereaktiotestimme määrittää allergiat IgE-vasta-aineiden, ja intoleranssit IgG4-vasta-aineiden mukaan. Tässä prosessissa tutkitaan vain proteiineja. Vastaavasti, laktoosi-intoleranssia ei voida määrittää, sillä laktoosi-intoleranssi on intoleranssi maidon sokerille. Ruoka-ainereaktiotesti voi selvittää vain allergian maitoproteiinia kohtaan. 


Laktoosi-intoleranssi voidaan määrittää hengitysilmanäytteen avulla, josta tutkitaan mahdollista metaanin ja vedyn muodostumista. 


Gluteeni-intoleranssi tutkitaan ruoka-ainereaktiotestin avulla. Täytyy kuitenkin ymmärtää, että gluteeni-intoleranssi ei ole sama asia kuin keliakia. Jos haluat keliakiadiagnoosin, sinun on  tehtävä keliakiatestimme. Ero piilee siinä, että keliakiatapauksessa elimistö ei siedä ollenkaan gluteiinia (se voi johtaa jopa tulehdiksiin suolen limakalvoilla), kun taas gluteeni-intoleranssin kohdalla tiettyjä gluteiinimääriä siedetään hyvinkin. Keliakiatestimme aikana meidän on myös lisättävä kudosten transglutaminaasivasta-aineiden pitoisuutta, joiden taso on kasvaa keliakiatapauksissa.